First seen: 21 marts 2008
Med Naruto Ultimate Ninja 3 foretager serien et kæmpe spring fremad med en lang række aldrig før sete muligheder. Nu kan spillerne gennemleve og være en del af alle de store begivenheder, der udgjorde rammen for historieforløb 1 i Heroes History-tilstand. Desuden kan ninja-aspiranter tilpasse deres figur med Ultimate Jutsu, der giver dem en lille fordel under kampe og gør det muligt for dem at optjene point, der kan bruges til at opgradere deres styrke, forsvarsevne, …